Met een geschatte populatie van zo’n 100 volwassen individuen in het wild is de Filipijnse krokodil de meest bedreigde krokodillensoort ter wereld. In het verleden werd veel gejaagd op de soort voor zijn huid. Omdat zijn leefgebied verandert in landbouwgrond, wordt zijn voortbestaan nog meer in gevaar gebracht. Hoe kunnen we uitsterving voorkomen?
Om de Filipijnse krokodil effectief te kunnen beschermen is er voldoende informatie nodig over zijn verspreiding. Zoals de naam van deze soort al doet vermoeden, strekt zijn leefgebied zich uit over een aantal eilanden van het Filipijnse archipel. Maar omdat er nog zo weinig exemplaren zijn, is de Filipijnse krokodil moeilijk te vinden in het wild. Onderzoekers van de afdeling Environmental Biology van het Centrum Milieuwetenschap Leiden (CML), dat verbonden is aan de Leiden Universiteit en actief is binnen het Centrum voor Genetische Biomonitoring, zochten een manier om daar verandering in te brengen.
Environmental DNA
Een traditionele manier om de verspreiding van de krokodil in kaart te brengen, is om dag en nacht langs de rivieren te lopen, op zoek naar een paar krokodillenogen die boven het water uitsteken. Deze methode is erg arbeidsintensief, neemt veel tijd in beslag en is niet erg betrouwbaar. Krijn Trimbos van CML onderhoudt nauwe contacten met onderzoekers op de Filipijnen, onder andere met Merlijn van Weerd, die in 2003 in samenwerking met de lokale organisatie Mabuwaya Foundation een onderzoeks- en beschermingsprogramma voor de Filipijnse krokodil startte. CML stuurde studenten van de Leiden Universiteit naar de Filipijnen om in samenwerking met Van Weerd en zijn collega’s van de Mabuwaya Foundation een nieuwe methode te testen voor de opsporing van krokodillen: environmental DNA, ook wel eDNA genoemd.
Environmental DNA wordt gebruikt om de aanwezigheid van organismen in een gebied aan te tonen. Door watermonsters te nemen, kunnen onderzoekers kijken of er DNA-moleculen in het water zitten, wat erop zou duiden dat een bepaald dier daar DNA in de vorm van bijvoorbeeld huidcellen of speeksel heeft achtergelaten. “Onderzoek met eDNA is nog nooit toegepast op krokodillen”, vertelt Trimbos van CML, “dus we wisten niet of het werkte.” Als blijkt dat ook de Filipijnse krokodil kan worden waargenomen met deze onderzoeksmethode, zou dat nieuwe informatie kunnen opleveren over de verspreiding van de krokodillensoort.
Watermonsters nemen
Onderzoekers van CML brachten een paar maanden door op Luzon, het noordelijke eiland van de Filipijnen, waarvan bekend is dat daar nog een populatie Filipijnse krokodillen leeft. “We hebben watermonsters van rivieren, poelen en meren verzameld. Maar we moesten wel goed oppassen, want er zwommen krokodillen rond”, vertelt Ton Weber, die namens CML meewerkte aan het onderzoek op de Filipijnen. De monsters werden vervolgens door een filter geduwd, waarbij het eDNA op het filter achterbleef. In koelboxen zijn de watermonsters meegenomen naar Nederland om ze daar te onderzoeken in het lab. Met behulp van soortspecifieke markers wordt gekeken of de monsters DNA-moleculen van de Filipijnse krokodil bevatten.
De eerste labresultaten hebben uitgewezen dat onderzoek met eDNA ook toepasbaar is op krokodillen. De hoeveelheden aangetroffen DNA in de monsters waren daarentegen lager dan vooraf werd gedacht. “Tegen de verwachtingen in laat de krokodil beperkt DNA achter”, aldus Trimbos. “Het is een groot beest dus je zou verwachten dat er dan veel cellen te vinden zijn.” In poeltjes werd het DNA vaak wel gedetecteerd, want door het stilstaande water en de aanwezigheid van meerdere krokodillen was de concentratie cellen daar aanzienlijk hoger.
Beloftes voor de toekomst
Trimbos hoopt dat bij de afronding van het onderzoek met eDNA blijkt dat deze methode effectief genoeg is om de traditionele onderzoeken te vervangen. De Mabuwaya Foundation zou dan op basis van de resultaten kunnen bepalen waar de laatste populaties Filipijnse krokodillen zich bevinden, zodat deze beter beschermd kunnen worden. En die bescherming is hoognodig, nu de soort zo beperkt is in aantal.
